Centre interinstitutionnel

de recherche en écotoxicologie

C  I  R  É

 

Unité de bioinformatique

Les diverses unités du Centre interinstitutionnelle de recherche en écotoxicologie génèrent une quantité énorme de données qui sont de nature variée (e.g., l’identification de contaminant, les niveaux de contaminants, la charge microbienne, parasites, températures, niveau d’eau, niveau de contaminant dans les espèces aquatiques, métabolisme des médicaments, interactions toxicologiques entre contaminants, ainsi que les effets immunologiques, endocrinologique, protéomiques et génomique des contaminants). Jusqu’à présent chacune des unités du réseau traitait ces données de façon plus ou moins indépendante.
 Afin de potentialiser l’analyse de ces données, le réseau prévoit créer une unité de bioinformatique. Cette unité de bioinformatique aura deux fonctions distinctes mais reliées : 1) stockage/archivage de donnée et 2) analyse et exploration des données.
Modèle conceptuel de la base de données de l’unité de bioinformatique du CIRÉ.
 
La fonction de stockage de données permettra d’assurer une pérennité des données recueillies au sein du Centre et d’assurer un accès instantané des données aux membres du CIRÉ. Sous la forme d’une base de données, ce recueil d’informations écotoxicologiques sera une source inégalée de données en écotoxicologie au pays. L’unité tentera d’assurer un accès dynamique et efficace aux données sous des formats qui sont facilement analysables dans des logiciels d’analyse conventionnels et spécialisés.
 
Une fonction d’analyse de données qui chapeautera celle de stockage de données. Ceci servira à mettre en relation toutes ces données via la création d’une banque de données et de logiciels d’explorations de données. Une fois mise en place, l’unité bioinformatique ne sera pas confiner uniquement à un rôle d’archivage de données mais aussi à une plateforme d’analyse interrelationnelle entre les données des différentes unités du CIRÉ. La création de cette unité sera une opportunité inespérée pour la création d’outils d’explorations de données en écotoxicologie. Le décloîtrement des données dans le CIRÉ ainsi que la possibilité de les analyser simultanément à l’aide de logiciels spécialisés facilitera la génération de nouvelles hypothèses de recherche en écotoxicologie et cela en se basant sur des données factuelles.
 
Le développement de l’unité de bioinformatique du CIRÉ sera réalisé sous la direction du professeur Sami Haddad (TOXEN, UQAM) avec une collaboration étroite avec IBM ainsi qu’avec les générateurs de données (i.e., les autres unités du réseau). Ceci consistera à développer une base de données (i.e., le design de l’architecture, la programmation, intégration des données, et validation) et d’y superposer des logiciels d’analyse et d’exploration de données. Cette unité permettra le développement d’outils informatiques en écotoxicologique qui facilitera la recherche des membres du CIRÉ et assistera la formation d’étudiants hautement qualifiés en bioinformatique dans le domaine de l’écotoxicologie.